2013年11月，揚子江船業控股公司宣布在上海自由貿易試驗區新注冊成立一家注冊資本為300萬美元的全資子公司——上海潤元船舶管理有限公司，其核心業務包括負責自營國際航運船舶的運營管理、負責收購國際航運二手舊船并自營或出租運營的管理、負責對集團交辦的其他專項事務或船舶的管理。2018年元月，集團為做大航運，收購并成立上海華元航運有限公司，將其納入揚子江航運公司的管理范疇。以內貿船為主的上海華元航運有限公司主要負責自營國內航運船舶的運營管理、負責收購國內二手舊船并自營或出租運營的管理、負責對集團交辦的其他專項事務或船舶的管理。至此，構建起國際和國內兩大航運公司體系。
從2013年開始，集團努力加強航運團隊建設，形成有自主管理能力、有獨立對外承運的航運經營技術團隊。船舶規模逐年擴大，從2013年的6艘92500DWT散貨船到2020年包含7艘92500DWT散貨船、5艘82000DWT外貿散貨船、4艘47500DWT內貿散貨船在內的23艘自營船隊。船隊的載重噸也隨之逐年變大，從2013年的55.5萬載重噸到2020年的156.26萬載重噸。隨著航運租賃業的逐步擴大，其營業收入從2013年的316萬美元增長至2020年的12362萬美元，凈利潤也從2013年的178萬美元增長至2020年的2935萬美元。
2020年4月起，集團將國際航運公司(上海潤元船舶管理有限公司)和國內航運公司(上海華元航運有限公司)分開進行運營管理。
除正常的船隊管理運營之外，航運公司還利用作為船東公司的優勢預簽合同，為經營接單提供了便利和成本優勢，配合集團經營需要處置不良資產，為集團承接新船項目起到保證性作用。2013-2020年間，航運公司先后下單建造外貿船27艘，已成功轉售13艘，下單建造內貿船6艘。
如今，集團的航運租賃對主業的支撐作用已不可缺失，不僅成為了造船主業的儲水池和調節器，還積極發揮融資造船的管理平臺作用，成為主業盈利的主要來源。未來，航運租賃將成為揚子江造船區別于其他造船集團的一個優勢業務板塊和盈利能力強的板塊。